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Nació en Gante en 1457 o 1458. Hijo único del destacado trompetista Willem Obrecht y de Lijsbette Gheeraerts. Su famoso retrato pintado en 1496 lo menciona como de 38 años, lo que ha permitido ubicar con mayor precisión su año de nacimiento.
Como todo compositor de aquella época, no se cuenta con información certera de sus primeros años. En 1480 un documento oficial lo menciona por primera vez. Jacob Obrecht acababa de ser ordenado sacerdote y con el título de maestro en artes. Es muy probable que en aquellos años de juventud, Obrecht ingresara a alguna universidad y que gracias a su padre aprendiera a tocar la trompeta y el arte del contrapunto.
Entre 1479 y 1484, periodo en el que se ordenó sacerdote, fue maestro de canto en la iglesia de Santa Gertrudis y en la Cofradía de Nuestra Señora de Berg-op-Zoom.
En 1484 fue nombrado maestro de los cantores del coro de la catedral de Cambrai, un trabajo importante y reconocido, pero que sobrepasó a Obrecht, especialmente en el cuidado de los niños del coro. En febrero del siguiente año, presentó una solicitud para el puesto de sochantre en la colegiata de San Donaciano de Brujas. El puesto acababa de quedar libre, pero Obrecht, no lo ocupó hasta noviembre de 1485.
Entre 1492 y 1496, años en los que fue maestro de canto de Nuestra Señora de Amberes, compuso sus principales obras: las misas Maria zart, Sub tuum praesidium y el motete Salve Regina III.
Obrecht hizo al menos dos viajes a Italia, el primero en 1487 por invitación del Duque Ercole I del Este de Ferrara, y el segundo en 1505 . El Duque había escuchado la música de Obrecht, que se sabe fue difundida en Italia entre 1484 y 1484, y al parecer la apreciaba por sobre toda la música de los otros compositores de la época. En consecuencia, invitó a Obrecht a Ferrara por seis mses en 1487.
Durante el segundo viaje, el Duque muere, con lo que Obrecht queda sin su patrocinador y admirador. Después de varios meses sin empleo permanente murió a causa de la plaga en julio de 1505.
